Voraussetzung für die Anwendung des § 5 Abs. 2 Nr. 1 KStG ist, dass die steuerabzugspflichtigen Einkünfte im steuerbefreiten Bereich – d.h. ideeller Bereich, Vermögensverwaltung oder Zweckbetrieb – anfallen. Auf die Besteuerung von Kapitalerträgen, die in einem wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb vereinnahmt werden und für die damit bereits eine partielle Steuerpflicht nach § 5 Abs. 1 Nr. 9 S. 2 KStG gilt, findet § 5 Abs. 2 Nr. 1 KStG keine Anwendung

Der Besteuerung nach § 5 Abs. 2 Nr. 1 KStG unterliegen alle Kapitalerträge, die nach § 43 EStG der KapESt unterworfen sind.

Die der partiellen Steuerpflicht nach § 5 Abs. 2 Nr. 1 KStG unterliegenden Einkünfte werden nicht im Rahmen einer Veranlagung i. S. d. § 49 Abs. 1 KStG zur Körperschaftsteuer herangezogen, sondern es ist die auf sie entfallende KSt durch den Steuerabzug der KapESt nach § 50 Abs. 1 Nr. 1 KStG abgegolten. Eine Besteuerung der Kapitaleinkünfte im steuerbefreiten Bereich hat keine Auswirkung auf die Besteuerung eines wirtschaftlichen Geschäftsbetriebs, die im Rahmen der Veranlagung (§ 49 KStG) erfolgt; d.h. die mit Abgeltung erhobene KapESt ist in einem derartigen Veranlagungsverfahren nicht anrechenbar (§ 36 Abs. 2 Nr. 2 EStG).

Die partielle Steuerpflicht nach § 5 Abs. 2 Nr. 1 KStG wird durch eine mögliche Abstandnahme vom KapESt-Einzug (§ 44a EStG) eingeschränkt. Das heißt, auf Antrag kann die gemeinnützige Körperschaft der Besteuerung ihrer im steuerbefreiten Bereich erwirtschafteten Kapitalerträge durch Abgeltung entgehen.

Die Abstandnahme vom KapESt-Einzug bedeutet einen Verzicht der die Kapitalerträge auszahlenden (und die KapESt einbehaltenden) Stelle auf die Vornahme des Steuerabzugs, der dazu führt, daß der Tatbestand der partiellen Steuerpflicht nicht erfüllt ist und die steuerbefreite Körperschaft somit nicht mit KapESt belastet wird. Eine Abstandnahme vom KapESt-Einzug ist nach § 44a Abs. 4 EStG möglich bei

• Einnahmen aus stiller Beteiligung i.S.d. § 43 Abs. 1 S.1 Nr. 3 EStG,

• Zinserträgen i.S.d. § 43 Abs. 1 S. 1 Nr. 4, 7 u. 8 u. S. 2 EStG und

• Gewinnanteilen, die eine steuerbefreite Körperschaft von einer anderen steuerbefreiten Körperschaft bezieht, § 44a Abs. 4 S. 2 EStG.

Weitere Voraussetzung für eine Abstandnahme vom KapESt-Abzug ist eine vom Finanzamt erteilte NV 2–Bescheinigung, die den Gemeinnützigkeitsstatus der Körperschaft belegt, § 44a Abs. 4 S. 3 EStG; sie wird nicht erteilt, wenn die Kapitalerträge in einem wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb der gemeinnützigen Körperschaft anfallen, § 44a Abs. 4 S. 5 EStG. Anstelle einer NV 2 – Bescheinigung akzeptiert die Finanzverwaltung der Einfachheit halber auch eine amtlich beglaubigte Kopie des zuletzt erteilten Freistellungsbescheids, die Anlage zum KSt-Bescheid bei partieller Steuerpflicht mit KSt-Festsetzung bzw. die vorläufige Bescheinigung in Gründungsfällen. Der Freistellungsbescheid darf hierbei längstens für den fünften Veranlagungszeitraum vor dem Veranlagungszeitraum des Zuflusses der Kapitalerträge erteilt worden sein; die Gültigkeitsdauer der vorläufigen Bescheinigung muss im Veranlagungszeitraum des Zuflusses der Kapitalerträge oder später enden.

Ist KapESt (insbes. Zinsabschlag) einbehalten worden, weil dem Schuldner der Kapitalerträge eine NV 2-Bescheinigung bzw. eine andere der o.g. Unterlagen nicht rechtzeitig vorgelegt wurde und der Abzugsschuldner von der Möglichkeit der Korrektur seiner KapESt-Anmeldung nach § 44b Abs. 4 EStG keinen Gebrauch gemacht hat, läßt die Finanzverwaltung zur Vermeidung von sachlichen Härten im Hinblick auf die abgeltende Wirkung des Steuerabzugs eine Billigkeitserstattung der einbehaltenen KapESt durch das für die betreffende gemeinnützige Körperschaft zuständige Finanzamt zu.

Neben der Abstandnahme vom KapESt-Abzug gibt es für steuerbegünstigte Körperschaften bei anderen als den in § 44a Abs. 4 EStG genannten Kapitalerträgen eine Erstattung der KapESt in voller Höhe, § 44c Abs. 1 Nr. 1 EStG.

Derartige Kapitalerträge sind zunächst per Steuerabzug der KapESt unterworfen; eine Erstattung erfolgt auf Antrag durch das Bundesamt für Finanzen.

Voraussetzung für eine Erstattung der KapESt durch das Bundesamt für Finanzen ist ebenfalls eine NV 2-Bescheinigung beizufügen, § 44c Abs. 1 S. 2 EStG, sowie eine Bescheinigung über die einbehaltene KapESt, § 45a Abs. 2 u. 3 EStG. Die Geltungsdauer der NV 2-Bescheinigung beträgt maximal drei Jahre, § 44c Abs. 1 S. 3 EStG.

Sollte die Beteiligung, die die Kapitalerträge abgeworfen hat, in einem wiG gehalten werden, so ist die Erteilung der NV 2-Bescheinigung ausgeschlossen, § 44c Abs. 1 S. 4 EStG, und die Kapitalerträge werden in die Veranlagung der nach § 5 Abs. 1 Nr. 9 S. 2 KStG partiell steuerpflichtigen Körperschaft mit einbezogen, § 49 Abs. 1 KStG i. V. m. § 25 Abs. 1 EStG. Die einbehaltene KapESt wird auf die KSt angerechnet, § 36 Abs. 2 Nr. 2 EStG; entsprechendes gilt für die anrechenbare KSt nach § 36 Abs. 2 Nr. 3 EStG.

Mit der Abstandnahme vom KapESt-Abzug bzw. der Erstattung von KapESt ist eine entsprechende Entlastung des auf die KapESt entfallenden Solidaritätszuschlags verbunden (§ 49 Abs. 1 KStG i. V. m. § 51a Abs. 1 EStG). (Vgl. hierzu auch Übersicht und Körperschaftsteuer).